像素STG第二章的船长分为两处，被困的船长位于船体底层密闭隔间，任务收尾交互的船长在船头二层驾驶室，两处位置都需要按照固定船舱路线解开才能抵达。进入第二章游艇地图完成登船前置战斗后，不能在甲板区域漫无目的搜寻，地图隐藏通道全部集中在船体前侧船舱，很多玩家会忽略地板暗门导致长时刻卡关，两处船长分属两个任务阶段，只找到底层被困人物无法完成通关，必须完成两段交互才算走完本章主线目标。

登船清掉甲板巡逻敌人后，径直走给船体最前端的独立船舱，船舱内部地板存在一块像素纹理色差明显的暗门入口，俯身穿过入口进入第一层夹层，夹层通道存在多处分叉路口，全部横给分支仅刷新少量弹药补给，全程选择给下延伸的主通道前进即可直达底层船舱。底层空间光线昏暗，角落木箱后方固定刷新血包和子弹盒，船长被多名近战敌人围堵在隔间中央，需要清空隔间全部守卫后才能触发解救互动，互动完成后底层船长模型会直接消失，体系弹出新指引，提示前往上层船头驾驶室汇合。底层岔路容易混淆行进路线，行进时贴着通道内侧墙体移动，能规避侧面突袭的敌人，节省大量回血物资。

从底层沿原路返回甲板后转给船体船头区域，二层驾驶室就是第二处船长的固定刷新点位，返程途中船舱走廊会刷新增援敌人，狭窄通道不适合正面硬刚，借助木箱、金属立柱作为掩体，点射清理挡路敌人，无需逐一清剿全部房间小怪。船头驾驶室舱门处于敞开情形，抵达后可以看到站立的船长模型，靠近触发对话交互就能完成本章全部主线任务。全程沿途各类船舱角落都分布补给物资，困难玩法下物资消耗速度更快，寻觅底层和返程途中顺路拾取补给，能大幅降低重复刷怪补充弹药的时刻成本。

组合适配武器和移动节拍可以进一步简化寻找船长的流程，战地医生枪械自带持续回血效果，全程不用频繁停留运用血包，狙击枪适合远距离清除底层隔间外围守卫，避免近距离承受高额伤害。船舱内移动速度会影响敌方子弹弹道判定，遭遇敌人扎堆时放慢移动速度，敌方子弹命中概率会明显下降，利用该机制能减少血量损耗。部分玩家会误以为船长只存在底层隔间，完成解救后直接退出地图导致任务失败，牢记二次交互驾驶室船长是通关必要流程，两处点位连贯走完才能解开下一章节剧情。