原神中主流海底秘境（海祇之心、千门虚舟）的开始，核心是完成指定前置任务、集齐决定因素道具并破解入口机关，按任务指引推进即可解开。

稻妻海祇岛的海底秘境海祇之心，开始需先完成全球任务月浴之渊的四个分支，收集4颗御灵珠。任务触发在珊瑚宫找NPC露子接取，四个分支分别对应解除海祇岛四处水域的封印，经过中需破解水元素机关、击败水之幻形敌人，逐步集齐御灵珠。收集完毕后返回珊瑚宫和露子对话，随后前往海祇岛东南传送点北侧瀑布的左侧半山腰，此处有蓝色屏障封锁的山洞，交付4颗御灵珠就能解除屏障，进入秘境入口。

进入海祇之心秘境后，需解开四个圆盘的鱼雕像谜题才能深入。鱼雕像两两联动旋转，借助参拜海祇尊像可锁定部分雕像，让单个雕像独立转动。解谜核心是把鱼雕像发光面调给圆盘中心，顺序上左上、左下、右侧圆盘需先转雕像再参拜尊像，上方圆盘则要先参拜尊像再转雕像。每解完壹个圆盘，会触发一波水之幻形袭击，提议组合火元素人物应对，高效清理敌人。

稻妻鸣神岛荒海的千门虚舟秘境，同样属于海底关联秘境，开始需先完成神樱大祓前置任务，获取留念镜。随后前往荒海传送点下方，找到四个雷柱子并点亮，解开机关后可进入井底。井底有三个地狐雕像，用留念镜激活新机关，开始通道后游泳抵达洞底，再破解雷机关排空积水，打开深处大门即可找到秘境入口。入口处还有踩地板机关，按一笔画制度解开后，就能正式开始千门虚舟秘境。

枫丹水下也有类似海底秘境的寻觅区域，解开需掌握水下芒荒能量机制，利用异色生物能力解谜。比如部分水下建筑入口，需用相反属性的芒荒能量击打能量柱，转为均衡态后解开；部分区域则要借助异色重甲蟹的能力，击碎岩石或阻挡水流，激活机关后才能进入。这些区域虽非传统秘境，但奖励和寻觅价格丰厚，是海底寻觅的重要部分。