通关殿堂入后优先解开全国图鉴并推进七之岛完整主线，这是全部后续内容的基础，也是通关后首要完成的核心任务。通关后返回真新镇和大木博士对话，只要图鉴登记数量达到六十只，博士就会将关都图鉴更新为全国图鉴，解开丰缘以外地区宝可梦的捕捉权限，同时解开枯叶市港口前往一之岛的航线。抵达一之岛精灵中心旁的网络实验室，和研究员锦辉对话接取寻找红宝石的任务，穿过火照山道前往灯火山，击败沿途火箭队成员后深入洞穴底层拾取红宝石，交还道具后获取七彩通行船券，解开四至七岛航线。前往四之岛冻瀑洞窟拾取秘传机攀瀑，和冰天王科拿联手击溃火箭队分支，再依次前往五之岛、六之岛推进剧情，在六之岛点之穴拿到蓝宝石却被火箭队研究员夺走，获取第二处仓库密码后攻破五之岛火箭队仓库夺回蓝宝石，完整修复跨区域通讯设备，此时华蓝市西北侧华蓝洞入口守卫消失，可运用冲浪、攀瀑进入洞窟底层捕捉七十级超梦，同时关都全域会随机刷新对应初始御三家克制属性的城都三圣兽，无人发电厂、双子岛、灯火山三处定点分别刷新闪电鸟、急冻鸟、火焰鸟三只传说宝可梦，全部主线走完才能解开全部捕捉区域和对战内容。

主线剧情收尾后，核心深耕路线为全图鉴收集和培育养成，兼顾孵蛋、刷努力值、招式教学三类养成方法。四之岛设有唯一饲育屋，可同时寄存两只宝可梦，拥有火焰身躯特性的宝可梦同行能减半孵蛋所需步数，五之岛水之迷宫携带高亲密度宝可梦且队伍留有空位，可领取波克比唯一蛋，大量仅能通过孵化获取的baby宝可梦需要在此批量繁育。玉虹百货五楼可购买提高单项努力值的营养饮品，单一项最多运用十瓶，剩余努力值需要针对性击败对应野生宝可梦补齐，常磐道馆原馆主站立位置可拾取竞争背心，携带后对战获取的努力值翻倍，大幅提高养成效率。二之岛存在招式教学NPC，能为初代御三家进修唯一终极招式，分别是喷火龙爆炸燃烧、妙蛙花疯狂植物、水箭龟加农水炮，六之岛塔纳比遗迹可寻觅全部二十八种未知图腾，收集齐全后能解开隐藏道具奖励。同时借助通讯设备和同系列游戏交换版本限量宝可梦，补齐关都和全国图鉴空缺，集齐全部关都宝可梦后前往玉虹大厦三楼GAMEFREAK职业室领取收集奖状，是图鉴完成度的标志性奖励。

图鉴和养成完成后，可反复挑战高难度对战内容刷取经验、金币和对战素材，解开隐藏对战场地的全部奖励。携带对战搜寻器走遍关都各条道路，每骑行一百步即可刷新沿途训练师，多次重复对战后训练师阵型等级会持续提高，一之岛火照山道骑行路线是高效练级点位，单车骑手和格斗训练师的单场经验收益接近四大天王且无需频繁往返精灵中心补给。石英高原四大天王和冠军阵型在通讯设备修复后整体强度提高，重复通关既能快速刷取大量金币，也能测试成型培育队伍的实战强度，冠军小茂的队伍会根据开局选择的初始宝可梦产生阵型变化，多次对战可摸清全部配招和携带道具。七之岛训练师塔支持连胜闯关玩法，分为速攻和击倒两种挑战制度，连胜层数越高奖励道具质量越好，包含顶级球、技能机器和稀有携带道具。除了这些之后全地图散落大量隐藏道具，登记三十种宝可梦后在十一号道路领取探宝器，卡比兽休憩点位、火箭队据点、各岛屿洞窟底层都能探测出吃剩的物品、黑色眼镜、神奇水滴等提高招式威力的携带品，逐道路搜刮能补齐全部实用装备储备。

追求完整收集度的玩家可解开独特航线捕捉限量传说宝可梦，补齐全部稀有藏品完成游戏深度收尾。持有神奇船票可从枯叶市港口前往肚脐岩，洞窟左右两条分支分别栖息凤王和洛奇亚，调查凤王停留点位运用探宝器还能拾取唯一圣辉道具；持有极光船票可前往诞生之岛，反复以最短距离调查中央陨石直至通体变红，即可遭遇代欧奇希斯，该宝可梦形态会随游戏产生差异，捕捉后完成传说宝可梦全收集。紫苑镇宝可梦塔顶层解救富士老人后获取宝可梦笛子，唤醒十二、十六号道路两只卡比兽完成道路寻觅，浅红市狩猎区深处可垂钓获取迷你龙，红莲镇研究所能运用野外拾取的化石复活化石翼龙和化石盔，补齐化石类宝可梦条目。全部传说宝可梦、化石宝可梦、孵蛋限量宝可梦、交换限量宝可梦集齐，组合满努力值成型队伍、全招式储备和全隐藏道具收集，才算彻底完成游戏全部可游玩内容，无遗漏隐藏要素。