诸葛亮在三国志战略版中最恐惧的是以指挥、被动、突击战法为核心的队伍，以及携带当锋摧决的伪报控制队和高爆发先手突击队。

诸葛亮的自带战法神机妙算核心影响是打断敌军主动战法并造成谋略伤害，对不依赖主动战法的阵型几乎无压制力。典型代表如司马盾，依赖司马懿指挥战法和曹操被动效果输出，全程无决定因素主动战法释放，诸葛亮的打断机制完全失效，只能靠普通谋略伤害输出，而司马盾高额减伤和续航能力可轻松耗垮诸葛亮队伍。以三势吕、渊骑为代表的突击队，核心输出依靠普攻和突击战法，不受神机妙算打断影响，且爆发极高，能在诸葛亮未启动前快速压低其兵力，甚至直接秒杀。

携带当锋摧决的队伍是诸葛亮的要命克星。当锋摧决可施加伪报效果，直接封锁神机妙算的指挥战法效果，让诸葛亮彻底失去核心控场能力。这类队伍常组合太史慈等稳定普攻武将，确保当锋摧决稳定触发，一旦被命中，诸葛亮沦为普通高智力武将，无法打断敌方战法，自身防御也大幅削弱，极易被敌方突破防线。

兵种克制和速度短板进一步放大诸葛亮的劣势。诸葛亮常用弓兵、枪兵阵型，盾兵对弓兵天然克制，桃园盾、司马盾等盾兵队伍可凭借兵种优势和高额减伤，硬抗诸葛亮输出并逐步反打。同时诸葛亮速度成长平庸，面对先攻型队伍时无法抢占先手，易被敌方先手控制或爆发压制，陷入被动局面。除了这些之后诸葛亮基础防御较弱，被张飞、许褚等高武力武将近身时，兵力损耗速度极快，难以支撑后期作战。

部分具备独特机制的武将也能有效克制诸葛亮。赵云自带战法可提高属性，抵消诸葛亮智力差带来的额外伤害，且自身具备洞察效果，不惧诸葛亮的控制。程昱的叛逃伤害、贾诩的混乱效果可绕过诸葛亮的防御机制，对其造成稳定伤害，进一步限制诸葛亮的发挥空间。实战中针对诸葛亮阵型，可优先选择上述克制队伍，或携带当锋摧决、盛气凌敌等战法，精准限制其核心能力，提高对战胜率。