从战舰或舰队中撤退是一项决定因素的生存和资源管理策略，操作位置通常位于舰队行动界面或战斗详情面板中。

常规的舰队撤退操作可以在战略地图上直接进行，选中你想要撤回的舰队，点击后弹出的操作窗口中通常会有撤退或撤回按钮，确认后舰队便会开始返回基地或指定的安全位置。对于正在交战中的舰队，你需要先点击进入战斗详情界面，在那里可以找到撤退指令，运用后舰队将尝试脱离战斗并返航。在战斗中发现己方处于明显劣势时应果断撤退，以避免舰船被全歼导致严重损失，由于每一艘船舰都是极其重要的资源。

你可以随时命令舰队返回。但在如艾格勒姆协议这类独特探险玩法中，情况则更为复杂。如果你在寻觅中遭遇强敌而选择紧急撤退，将会损失舰队仓储内全部的采集到的资源和物品，例如预制模组和补给箱，这通常特别亏。在该玩法中，合理的规划圈管理是安全撤离的前提，如果你的舰队被困在规划圈之外，也许将面临无法常规撤离的困境。你还可以在舰队行动配置中关闭自动返回基地功能，从而获取更灵活的手动控制权，避免舰队在完成一次行动后你不希望它返回时自动撤回。

及时撤退可以保存舰队的战斗力，受损的舰船返回基地或前哨站后可以进行维修。另撤退本身也许带来资源损耗，例如紧急撤退会丢弃货物，而从部署的建筑中撤回受损分舰队进行维修时，无法运用基地库存的预制模组，只能消耗舰队自身携带的有限存量，且消耗巨大。撤退前需要评估舰队的受损情况和仓储资源。解散或回收舰船是一种更彻底的撤退形式，在舰船管理页面选中目标后可以执行，但这会永久失去该舰船并返还部分建造资源，顶级舰船需慎重思考。

撤离机制也和其他游戏体系相互影响。执行撤退、调动或从建筑中撤回舰队通常需要消耗策略值，这是一项真贵的实时恢复资源，频繁操作需思考其消耗。舰队撤退回基地的途径并非完全安全，需要留意星图，警惕也许存在的敌方拦截。无论战斗胜利、失败还是撤退，舰队都能获取一定的经验值用于提高等级，但撤退获取的经验相对较少，这需要在保存舰队和获取成长之间做出权衡。