集齐全部八枚道馆徽章后核心推进路线为离开常磐市给西走22号道路，对战劲敌后沿23号道路通过徽章检查关卡，穿梭冠军之路抵达石英高原精灵联盟，依次挑战四大天王和冠军完成一周目主线剧情，单一道馆通关后的分支路线则按照馆解开权限和地图顺序分步推进，每一枚徽章都会解开最新秘传机器野外运用权限，同步放开对应区域的可寻觅地图。

击败第七个红莲岛火系道馆馆主后，需要先乘船返回枯叶市，一路北上回到初始城镇常磐市，原本封闭的常磐道馆此时正式解开，馆主为火箭队首领，击败后获取最后一枚大地徽章，离开道馆后可运用探宝器在馆主站位处拾取竞争背心，这件道具能提高精灵对战获取的努力值，是后期培育精灵的决定因素道具，整理背包内恢复药剂、解异常道具后，前往常磐市西侧22号道路，这片道路中段固定触发劲敌对战，对手精灵等级普遍在55级以上，队伍组合会根据初始选择的御三家变化，对战结束后沿路直行抵达23号道路入口。

23号道路沿途配置多道徽章检查关卡，每一处关卡都会查验对应道馆徽章，缺少任意一枚都无法继续给前行进，沿路草丛中分布大量训练师，击败后可快速提高精灵等级，道路尽头连接冠军之路洞窟，洞窟内部遍布可推动岩石机关，必须携带学会怪力秘传的精灵才能解开通路，洞窟内藏有各类稀有恢复道具、技能机器，同时会遇到多名高阶训练师和野生强力精灵，洞窟全程无法运用宝可梦中心恢复情形，提议提前储备足量全复药和复活草，完整走完洞窟通道后即可走出抵达石英高原。

石英高原内部设有独立宝可梦中心和道具商店，进入联盟大门后无法返回外部补给，需要在此将精灵情形完全恢复、补齐全部消耗道具，联盟内部战斗为连续无间断对战，依次迎战冰系、格斗系、幽灵系、龙系四大天王，全部击败后会触发和劲敌的冠军争夺战，完成对战后大木博士会到场，带领玩家进入荣誉殿堂记录通关精灵阵型，一周目主线流程就此结束，剧情结束后会自动传送回真新镇，此时解开二周目七之岛完整支线剧情，收集满60种关都精灵和大木博士对话即可解开全国图鉴，前往枯叶市乘船前往一岛开始宝石相关支线任务，完成全部七岛剧情后还能解开华蓝市西北侧的华蓝洞窟，捕捉游戏内终极神兽超梦。